高等职业教育是培养高素质、高技能型或技术应用型人才，而自考本科是培养工程技术人才，二者培养目标有本质的差别。由于二者的培养目标不同，培养重心有冲突，对在校生组织的同等学历自考本科，会冲淡高等职业教育的办学特征，偏离高职教育的方向，不能满足经济发展对技能人才 的急需。

另外，根据教育部教高2004年1号文件精神《教育部关于以就业为导向深化高等职业教育改革的若干意见》，如果高职院校组织类似同等学历的自考本科的工作，会导致办学指导方针不明确，不是以就业以导向了，而是以升学为目标。